運営委員会は、災害即応パートナーズの会員（即応パートナー）である団体から選出されます。運営委員会は災害即応パートナーズの事業計画、事業予算策定、活動内容等に関する協議・決定を行います。（2008年4月現在の運営委員は「災害即応パートナーズとは」を参照）

運営委員会のもとで、事務局が事務を行います。なお、2008年4月現在、設立当初の支援として特定非営利活動法人チャリティ・プラットフォームが事務局機能を担っています。（2008年4月現在の事務局体制は「災害即応パートナーズとは」を参照）